Samoistne zanieczyszczanie się wody należy do jej cech naturalnych, dlatego konieczna jest regularna dezynfekcja oraz jej uzdatnianie. Problem dotyczy wszystkich zbiorników wodnych oraz systemów wodociągowych.
Poświęcenia szczególnej uwagi wymagają instalacje transportujące wodę do gospodarstw wodnych, ponieważ zazwyczaj jest ona wykorzystywana do picia przez ludzi lub zwierzęta domowe.
Niska jakość spożywanej wody mogłaby spowodować poważne zatrucia pokarmowe oraz choroby, które mogą być groźne zarówno dla zdrowia, jak i życia.
W celu usunięcia szkodliwych mikroustrojów z wody najlepiej w tym celu wykorzystać odpowiednie biocydy.